ปรากฏมาแต่ดั้งเดิมที่ผู้รู้บอกว่าเป็นสีของการศึกษา จึงใช้เป็นสีประจำของโรงเรียน ประจำจังหวัดด้วยตามที่ได้ยินมานั้นจะเห็นได้ว่าสีเขียวมีความหมายถึง ความเขียวขจีของพฤกษาโดยทั่วไปดูร่มรื่น ร่มเย็น อันหมายถึงความสงบร่มเย็น เป็นสุขของชาวสตูล ส่วนสีเหลืองนั้นหมายถึง สีของกษัตริย์ หรือเจ้าเมืองซึ่งได้ ทำประโยชน์แก่ท้องถิ่นนี้มาโดยตลอด แต่มาภายหลังมีผู้ให้ความหมายเพิ่มเติมว่า เป็นสีแห่งธรรมะ ทั้งพุทธและอิสลาม ซึ่งอยู่รวมกันอย่างสมานฉันท์ตั้งแต่บรรพกาล