ต้นกำเนิดปราสาทหินพันยอด เมื่อหลายล้านปีก่อนน้ำใต้ดินได้กัดเซาะ และละลายหินปูนที่อยู่ใต้ดินจนเกิดเป็นโพรงมากมาย โพรงขยายขนาดขึ้นเรื่อยๆจนเชื่อมกันเป็นโพรงใหญ่ต่อมาหินปูนถูกยกตัวขึ้นกลายเป็นหินปูนเทือกเขาเกาะเขาใหญ่ เพดานของโพรงที่อยู่ในหินปูนถูกน้ำกัดเซาะจนบางลงเรื่อยๆ จนกระทั่งรับน้ำหนักไม่ไหวจึงเกิดการยุบตัวลงมากลายเป็นหลุมหยุบในภูเขาซึ่งเกิดเป็นปราสาทหินพันยอดนั่นเอง